Amauri,
Voce teve alguma resposta com respeito a sua duvida, conseguiu resolver?
Tenho o mesmo problema, mas no meu caso estou fazendo um CT-e inbound gerado no processo de STO com LES/TRA. O sistema calcula ICMS interestadual no documento de Gasto de Transporte e transfere os valores para o CT-e na MIRO assim como o codigo do IVA.
Na hora de gerar o CT-e o campo TMISS (Imposto ISS - Sem calculo ICMS/IPI) fica marcado. A repercusao disto é basicamente na transferencia de dados para a interfase com a Mastersaf, pois nao me atualiza o valor como se fosse ICMS, ainda que seja, ICMS sobre frete.
Obrigado,
Italo Nascimento